Đoạn mồi – Wikipedia tiếng Việt

Phần định nghĩa và thảo luận dưới đây chỉ đúng cho thuật ngữ primer dùng trong sinh học phân tử.

Primer (còn có tên gọi khác là đoạn mồi) là một sợi nucleic acid (hoặc ribonucleic acid) dùng để làm đoạn khởi đầu cho quá trình nhân đôi của DNA. Hầu hết các DNA polymerase (enzyme xúc tác quá trình nhân đôi DNA) không thể bắt đầu tổng hợp một đoạn DNA mới mà thiếu primer. Vì nó chỉ gắn các nucleotide vào sợi primer có sẵn theo nguyên tắc bổ sung với sợi khuôn.

Trong hầu hết những quy trình sao chép DNA tự nhiên, mồi cơ bản cho việc tổng hợp DNA là sợi RNA ngắn. RNA này được tạo ra bởi RNA polymerase, nó được loại bỏ đi và được thay thế sửa chữa bằng DNA bởi DNA polymerase .Nhiều kỹ thuật sinh học phân tử tương quan đến DNA polymerase, như kỹ thuật xác lập trình tự DNA và PCR, cần đến mồi. Mồi dùng cho những kỹ thuật này thường ngắn ( khoảng chừng 20 base ), là những phân tử DNA được tổng hợp tự tạo. Cấu trúc thật sự của những mồi này mở màn bằng những 3 ‘ – hydroxyl nucleoside gắn với một cái gọi là CPG ( controlled-pore glass ). Đầu 5 ‘ – hydroxyl của nucleoside được dimethoxytrityl ( DMT ) bao trùm nhằm mục đích ngăn sự xây dựng chuỗi nucleotide. để thêm vào 1 nucleotide thì phải vô hiệu DMT theo cách hóa học, và 1 nucleotide được thêm vào. Đầu 5 ‘ – hydroxyl của nucleotide mới bị khóa lại bởi DMT nhằm mục đích ngăn ngừa sự gắn thêm vào 1 hay nhiều nucleotide trên 1 chuỗi. Sau đó, quy trình được lặo lại so với mỗi nucleotide bằng 1 mồi. Đây chỉ là diễn đạt đơn thuần, còn quy trình tiến độ trong thực tiễn thì khá phức tạp. Vì thế, hầu hết những phòng thí nghiệm đều không tạo mồi trên chính nó .

Việc xác định trình tự DNA được dùng để xác định nucleotide trong sợi DNA. Phương pháp xác định trình tự được gọi là xác định trình tự dideoxy (hay còn gọi là phương pháp Sanger) dùng mồi làm marker khởi đầu cho phản ứng chuỗi.

Trong PCR, mồi được dùng để xác định các phân đoạn DNA mà được khuếch đại bởi PCR. Chiều dài của mồi thường không dài hơn 50 nucleotide (Do DNA thường là sợi đôi, nên chiều dài của nó được đo bằng cặp base. Chiều dài của DNA sợi đơn được đo bằng base hay nucleotide), và chùng kết hợp chính xác khởi đầu và kết thúc phân đoạn DNA để được khuếch đại. Chúng anneal (adhere) khuôn DNA ở điểm khởi đầu và kết thúc, tại đó DNA polymerase gắn và bắt đầu tổng hợp sợi DNA mới.

Việc lựa chọn chiều dài mồi và nhiệt độ nóng chảy của chúng dựa vào một số lý do. Nhiệt độ nóng chảy của mồi được định nghĩa là nhiệt độ thấp hơn nhiệt độ của mồi mà sẽ anneal khuôn DNA và cao hơn nhiệt độ làm mồi rời khỏi khuôn DNA. Nhiệt độ nóng chảy cần tăng lên theo độ dài của mồi. Mồi quá ngắn sẽ làm anneal một số vị trí trên khuôn DNA dài, dẫn đến các bản sao không đặc hiệu. Nói cách khác, chiều dài của mồi bị giới hạn bởi nhiệt độ làm nóng chảy nó. Nhiệt độ nóng chảy quá cao, nghĩa là trên 80 °C, có thể gây ra một số vấn đề do DNA poluymerase ít hoạt động ở nhiệt độ này. Chiều dài tối ưu của mồi vào khoảng 30 đến 40 nucleotide với nhiệt độ nóng chảy vào khoảng 60 °C đến 75 °C. Có một số cách để tính nhệit độ nóng chảy (TM) của mồi. (A, G, C và T tương ứng là số nucleotide của mồi. [Na+] là nồng độ Na+ trong PCR)

  • Phương pháp “GC”: Nhanh và đơn giản, với mồi dài trên 13 nucleotide.
    T M = 64 + G + C − 16.4 A + G + C + T { \ displaystyle T_ { M } = 64 + { \ frac { G + C-16. 4 } { A + G + C + T } } }{\displaystyle T_{M}=64+{\frac {G+C-16.4}{A+G+C+T}}}
  • Phương pháp “điều chỉnh bằng muối”: chính xác hơn GC, với mồi dài hơn 13 nucleotide.
    T M = 100.5 + 41 ∗ C + G A + C + G + T − 820 A + C + G + T ∗ 16.6 ∗ l o g 10 ( [ N a + ] ) { \ displaystyle T_ { M } = 100.5 + 41 * { \ frac { C + G } { A + C + G + T } } – { \ frac { 820 } { A + C + G + T } } * 16.6 * log_ { 10 } ( [ Na ^ { + } ] ) }{\displaystyle T_{M}=100.5+41*{\frac {C+G}{A+C+G+T}}-{\frac {820}{A+C+G+T}}*16.6*log_{10}([Na^{+}])}
  • Base-stacking calculation: chính xác nhất, nhưng phức tạp
T M = Δ H k c a l M o l ∗ o C Δ S + R l n ( p r i m e r 2 ) − 273.15 o C { \ displaystyle T_ { M } = { \ frac { \ Delta H { \ frac { kcal } { Mol * ^ { o } C } } } { \ Delta S + Rln ( { \ frac { primer } { 2 } } ) } } – 273.15 ^ { o } C }{\displaystyle T_{M}={\frac {\Delta H{\frac {kcal}{Mol*^{o}C}}}{\Delta S+Rln({\frac {primer}{2}})}}-273.15^{o}C}
trong đó
Δ H { \ displaystyle \ Delta H }{\displaystyle \Delta H}enthalpy của tương tác base stacking điều chỉnh cho các nhân tố khởi đầu vòng xoắn (helix)
Δ S { \ displaystyle \ Delta S }{\displaystyle \Delta S}entropy của base stacking điều chỉnh cho các nhân tố khởi đầu helix và điều chỉnh nồng độ muối cho emtropy

R

{\displaystyle R}

Runiversal gas constant ( 1.987 C a l M o l ∗ o C ) { \ displaystyle \ left ( { \ frac { 1.987 Cal } { Mol * ^ { o } C } } \ right ) }{\displaystyle \left({\frac {1.987Cal}{Mol*^{o}C}}\right)}

Cũng vậy, mồi không anneal thuận tiện với chính nó và những cái cùng loại với nó, xây dựng nên những loop hoặc kẹp tóc trong quá trình. Điều này làm cản trở việc anneal khuôn DNA. Tuy nhiên, càc kẹp tóc nhỏ thường không hề tránh khỏi .

Đôi khi cũng sử dụng mồi phân giải. Các mồi này là một hỗn hợp mồi giống nhau, nhưng chưa xác định. Chúng có thể thích hợp nếu gene giống nhau được khuếch đại từ các sinh vật khác nhau. Có các cách sử dụng khác đối với mồi phân giải là khi mồi thiết kế dựa vào trình tự protein. Một số codon khác nhau có thể mã hóa cho một amino acid. Vì vậy trình tự của mồi tương ứng với amino acid isoleucine có thể là “ATH”, trong đó A thay cho adenine, T cho thymine, và H adenine, thymine, hoặc cytosine. (Xem mã di truyền trong các bài sau này về codon) Sử dụng mồi phân giải có thể làm giảm tính đặc hiệu của quá trình khuếch đại PCE. Vấn đề có thể được giải quyết từng phần bằng cách sử dụng touchdown PCR.

An earlier version of the above article was posted on Nupedia.

Primer ( còn có tên gọi khác là đoạn mồi ) là một sợi nucleic acid ( hoặc ribonucleic acid ) dùng để làm đoạn khởi đầu cho quy trình nhân đôi của DNA. Hầu hết những DNA polymerase ( enzyme xúc tác quy trình nhân đôi DNA ) không hề mở màn tổng hợp một đoạn DNA mới mà thiếu primer. Vì nó chỉ gắn những nucleotide vào sợi primer có sẵn theo nguyên tắc bổ trợ với sợi khuôn .Trong quy trình sao mã tự nhiên, những primer thiết yếu cho quy trình tổng hợp DNA là một đoạn ngắn của sợi RNA. Sợi RNA này được sinh ra bởi RNA polymerase, và sau đó được vô hiệu và thay thế sửa chữa bằng DNA nhờ DNA polymerase .

Nhiều kỹ thuật phòng thí nghiệm về lĩnh vực sinh học phân tử có liên quan đến DNA polymerase, như giải trình tự DNA (DNA sequencing), chuỗi phản ứng PCR (Polymerase chain reaction), yêu cầu các primer. Các primer sử dụng cho các kỹ thuật đó thường là những phân tử DNA ngắn được tổng hợp nhân tạo với chiều dài khoảng 20 bases. Cấu trúc thực tế của các primer như vậy bắt đầu với 3’-OH nucleosid gắn với CPG (controlled-pore glass). 5’-OH của nucleosid được bao phủ bởi DMT (dimethoxythityl), cái sẽ ngăn cản quá trình hình thành chuỗi nucleotid. Để thêm một nucleotide, DMT được loại bỏ và nucleotide được gắn thêm vào. Đầu 5’-OH của nucleotide mới được khoá lại bởi DMT, ngăn cản quá trình thêm hơn một nucleotide vào mỗi chuỗi. Sau đó chu trình lại lặp lại cho mỗi nucleotide trong primer. Đây là một quá trình miêu tả đơn giản, quá trình thực tế là khá phức tạp, vì vậy, hầu hết các phòng thí nghiệm không tự tổng hợp được primer, nhưng có thể đặt chúng bởi các công ty làm về lĩnh vực này.

Giải trình tự DNA được sử dụng để xác lập những nu trong chuỗi DNA. Một chiêu thức giải trình tự gọi là Dideoxy sequencing cũng được biết như chiêu thức kết thúc chuỗi hay chiêu thức Sanger sử dụng primer như một lưu lại khởi đầu cho chuỗi phản ứng .Trong chuỗi phản ứng PCR, những primer được sử dụng để xác lập đoạn DNA được khuếch đại bở quy trình PCR. Chiều dài của primer thường không quá 50 nu ( vì DNA thường là sợi đôi, chiều dài của nó có giá trị trong những cặp base. Chiều dai của DNA sợi đơn có giá trị trong những cặp base hay những nu ), và chúng bắt cặp đúng mực với đoạn mở màn và đoạn kết thúc để khuếch đại. Chúng thường gắn với khuôn DNA ở điểm khởi đầu và điểm kết thúc, nơi mà DNA-Polymerase gắn vào và mở màn quy trình tổng hợp sợi DNA mới .

Liên kết bên ngoài[sửa|sửa mã nguồn]

Rate this post